هر چند با توجه به قابلیتهای انعطاف بالای IPMP (مانند موتور طراحی چرخه پویا، امکان تعریف فیلدهای پویا، تنظیمات وسیع و …) بخش اعظم نیازهای سازمانها با بکارگیری هسته نرم افزار IPMP و یا هسته با انضمام چند ماژول از این نرم افزار مرتفع میشود اما در بسیاری از سازمانهای بزرگ، ساز و کارهای سازمانی در طی سالهای متمادی در متن و یا حاشیه حوزه مدیریت پروژه شکل گرفته و مورد استفاده قرار گرفته اند که تغییر آنها به سادگی ممکن نیست و تطبیق با آنها نیاز به سفارشی سازی دارد. بعلاوه اقتضائات اجرایی حوزه مدیریت پروژه نیز در بسیاری از سازمانها شکل کاملا اختصاصی  به خود گرفته و نمیتوان از سطوح مختلف چنین سازمانهایی انتظار تطبیق با اسلوب از پیش تعیین شده ای را داشت.

در این گونه موارد معمولا تلاش میشود در پیاده سازی سامانه مدیریت پروژه IPMP تا با حرکت در راستای استانداردهای حوزه مدیریت پروژه، با توسعه ماژولهای سفارشی سازمان، نرم افزار IPMP برای تطبیق با نیازهای سازمان تغییر یابد. در این روش معمولا نقطه بهینه ای تعیین میگردد که در آن همانگونه که نرم افزار برای تطبیق خود با نیازهای سازمان تغییر می یابد، سازمان نیز تا حدی که مقاومت سازمانی شدیدی ایجاد نکند به سمت استاندارد پیش برود هر چند که برخی از سفارشی سازیها هیچ آسیبی به توسعه استاندارد وارد نمیکنند.

در اغلب پیاده سازیهای بزرگ IPMP هم تا کنون بحث سفارشی سازی وجود داشته است. بخشی از سفارشی سازیها مربوط به تهیه گزارشات با فرمتهای خاص مورد نیاز و ویجتهای سفارشی برای داشبورد سامانه است که به سادگی صورت میگرد. اما بخش دیگر از سفارشی سازیها در سطوح پایینتر شکل میگیرند. این سفارشی سازیها در بخشهای مختلف مانند توسعه فرمتهای گزارشات دوره ای (روزانه، هفتگی، ماهانه) روشهای انبار داری پروژه، مدیریت منابع به شیوه های غیر معمول، فرآیندهای پیش از شروع پروژه، روشهای نظارت کیفی و نظارت عالیه، فرآیندهای سفارشی در ماژول مدیریت اسناد مهندسی (EDMS)، فرآیندهای سفارشی در حوزه تدارکات و خرید (Procurement)، فرآیندهای سفارشی در حوزه ساخت (Construction) و فاینانس (Finance)، فرآیندهای کنترل پرسنل و ماشین آلات، نگهداری و تعمیرات پروژه ای و سازمانی، روشهای هشداردهی خاص، اپلیکیشنهای خاص بر بستر موبایل، ارتباط با سامانه های موجود و … تا کنون شکل گرفته اند.

با توجه به بومی بودن IPMP ایده ورزان با داشتن تیم توسعه داخلی امکان ارائه هر نوع سفارشی سازی در این سامانه را داراست. بعلاوه معماری IPMP به گونه ای است که سفارشی سازیها به شکل ماژولهای مجزا رخ داده و تغییری در کد مرکزی نمیدهند. بنابراین هم پایداری هسته سامانه حفظ شده و هم امکان بروز رسانی هسته سامانه با توجه به توسعه همیشگی IPMP وجود خواهد داشت.